Исаакиевский собор в годы Великой Отечественной войны служил хранилищем музейных ценностей. Сюда привезли скульптуру, мебель, фарфор, архивы, научную документацию. Всю войну в соборе хранились картины, бронза, фарфор, стекло, ткани, вышивки, медали и монеты, чертежи, акварели, гравюры, фотографии, книги и журналы. 

Купол собора немецкие лётчики использовали в качестве ориентира, напрямую в храм они не стреляли, поэтому хранилище осталось невредимым. Однако сам собор получил значительные повреждения от бомбардировок и артобстрелов. Осколки бомб и снарядов оставили выбоины на наружной мраморной облицовке стен, в некоторых местах пробили кровлю. Пострадали 10 из 16 колонн северного портика, был повреждён парапет юго-западного угла здания. В январе 1943 года при разрыве бомбы вблизи собора взрывной волной была выбита часть стёкол уникального витража.

Чтобы как можно быстрее вернуть Исаакиевскому собору прежний облик, реставраторы начали работу сразу же после войны, закончив её только в 1963 году.