Энциклопедия содержит около 7000 статей, в которых рассматриваются вопросы музыкальной эстетики, теории музыки, акустики, исполнения, музыкальная периодика. Значительное место в энциклопедии отводится истории музыки различных стран и народов, композиторам, музыковедам, музыкантам-исполнителям, педагогам, музыкальным деятелям, мастерам музыкальных инструментов.
Статьи Музыкальной энциклопедии размещаются по алфавитному принципу - по месту в русском алфавите основного, "заглавного" термина.