Первый номер журнала "Полдень. XXI век" вышел в мае 2002 года. Главный редактор и основатель "Полдня" Борис Стругацкий изначально задумывал его как "толстый" литературный журнал, целиком посвященный отечественной фантастике. "Полдень. XXI век" издавался с периодичностью один раз в два месяца и объединял под своей обложкой фантастику и реализм, популярные жанры и серьезную прозу. В разные годы на страницах журнала публиковались произведения С.Витицкого, Александра Бачило, Кира Булычева, Дмитрия Быкова, Александра Зорича, Леонида Каганова, Андрея Лазарчука, Святослава Логинова, Евгения Лукина, Сергея Лукьяненко, Геннадия Прашкевича и других авторов.
С мая 2007 года "Полдень. XXI век" стал альманахом и изменил формат, превратившись, по сути, в книжную серию, пополняемую ежемесячно. Сохранив верность художественно-литературным традициям, "Полдень" обзавелся новыми рубриками и получил возможность печатать с продолжением достаточно объемные произведения, которые раньше были для него не доступны. Формат и объем издания уменьшились, зато периодичность удвоилась. Кроме того, "Полдень" стал более доступным по цене и уже появился на полках некоторых книжных магазинов.